在袭击世界的大灾难的“第二次冲击”之后，世界在废墟上重建。一个14岁的男孩，被他的父亲杜源和夫叫到第三新东京城。我以为我能看到父亲迎接他，但我看到一个名叫“使徒”的巨大生物在和军队战斗。在紧急情况下，马国特勤处的程阁·米里under救出了信治，并把他带到总部，由丁·指挥。然而，是他的父亲冷冷地命令他用一个叫做伊娃的巨大人形机器人与使徒们战斗。信治，谁已经说不，决定服从他父亲的命令后，看到严重受伤的替补司机绫波丽。就这样，从未接受过任何战斗训练的信治，正准备在伊娃预赛中迎战使徒队。不断前来的使徒，身份不明的绫波丽，德国车手苏鲁·阿苏卡·兰利，这个14岁的男孩不得不面对远远超出他能力的挑战。当杜源和夫静静地观察着一切的时候，一个神秘的叫做“人类补充计划”的计划正在按照他的计划实施。