卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德)在行刑前醒来，发现自己被索菲亚(玛丽昂·歌迪亚)选中参与一项能让人类摆脱暴力冲动的计划。Animus是一种虚拟现实机器，让用户能够体验祖先的记忆。被绑在机器上后，卡勒姆·林奇意识到他是阿吉拉尔的后代，阿吉拉尔是一个生活在西班牙宗教裁判所时期的刺客。他们在寻找能够控制自由意志的伊甸园苹果。索菲亚在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯饰)的压力下，不情愿地操纵卡勒姆·林奇回到过去，在现代世界寻找伊甸苹果的下落，威胁着他的身心健康。但是在杀手同事穆萨(由迈克尔·威廉姆斯扮演)暗示卡勒姆·林奇并提醒他艾伦的动机可能不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，人类自由意志的命运也就变得悬而未决了...